C#中程序结构的关键概念为程序、命名空间、类型、成员和程序集。C#程序包括一个或多个源文件。程序中声明类型，类型包含成员并能够被组织到命名空间中。类和接口是类型的例子。字段、方法、属性和事件则是成员的例子。当C#程序被编译时，它们被物理地打包到程序集中。程序集的文件扩展名一般为.exe或者.dll，这取决于它们是实现为应用程序（application），还是类库（library）。
示例：
using System;
namespace Acme.Collections
{
public class Stack
{
Entry top;
public void Push(object data){
top=new Entry(top,data);
}
public object Pop(){
if (top==null) throw new InvalidOperationException();
object result=top.data;
top=top.next;
return result;
}
class Entry
{
public Entry next;
public object data;
public Entry(Entry next,object data){
this.next=next;
this.data=data;
}
}
}
}
在叫做Acme.Collections的命名空间下，声明名为Stack的类，这个类的完全限定名就是Acme.Collections.Stack。它包括几个成员：一个名为top的字段，两个分别命名为push和pop的方法，以及一个名为Entry的嵌套类。Entry类又进一步包括三个成员：一个名为next的字段，一个名为data的字段，以及一个构造函数。假定这个示例的源程序被存为acme.cs文件，命令行为： namespace Acme.Collections
{
public class Stack
{
Entry top;
public void Push(object data){
top=new Entry(top,data);
}
public object Pop(){
if (top==null) throw new InvalidOperationException();
object result=top.data;
top=top.next;
return result;
}
class Entry
{
public Entry next;
public object data;
public Entry(Entry next,object data){
this.next=next;
this.data=data;
}
}
}
}
csc /t:library acme.cs
将这个示例编译为类库（不带Main入口点的代码），并且产生一个名为acme.dll的程序集。
程序集包括中间语言（Intermediate Language，IL）指令形式的可执行代码，以及元数据（metadata）形式的符号信息。在它执行之前，程序集的IL代码将被.NET公共语言运行库（CommonLanguage Runtime，CLR）自动转换成特定处理器的代码。
由于程序集是自描述的功能单元，它既包括代码，也包括元数据，因此，在C#中不需要#include指令和头文件。假如某个C#程序需要引用特定程序集中的公共类型和成员，那么只在编译时简单地引用那个程序集就可以了。例如，下面的程序使用来自acme.dll程序集中的Acme.Collections.Stack类：
using System;
using Acme.Collections;
class Test
{
static void Main(){
Stack s=new Stack();
s.Push(1);
s.Push(10);
s.Push(100);
Console.WriteLine(s.Pop());
Console.WriteLine(s.Pop());
Console.WriteLine(s.Pop());
}
}
如果程序被存为test.cs文件，那么，在test.cs被编译时，acme.dll可以通过/r选项被引用： using Acme.Collections;
class Test
{
static void Main(){
Stack s=new Stack();
s.Push(1);
s.Push(10);
s.Push(100);
Console.WriteLine(s.Pop());
Console.WriteLine(s.Pop());
Console.WriteLine(s.Pop());
}
}
csc /r:acme.dll test.cs
这样可以创建一个名为test.exe的可执行程序集，运行结果如下：
100
10
1
C#允许一个程序的源文本被存为几个源文件。当多文件的C#程序被编译时，所有的源文件都被一起处理，并且各个源文件从概念上能够自由地相互引用，就如同处理之前，所有的源文件被连接成一个大文件。在C#中向前声明是没有必要的，原因就是声明的顺序无关紧要。C#不限制一个源文件只能声明一个公共类型，也不要求源文件名必须与该文件中的类型相匹配译注1。